La búsqueda de las islas Molucas (o de la Especiería) originaron, por parte española, el descubrimiento y reconocimiento costero de América, el dominio de la náutica del Atlántico, el descubrimiento del Océano Pacífico en su ribera oriental, el conocimiento de la náutica del Océano Pacifico (llamado también Mar del Sur o Lago Español) y una serie de descubrimientos geográficos muy importantes en su ámbito, hasta llegar a la confrontación con Portugal.

La vieja rivalidad entre Portugal y España por llegar a las islas de la Especiería (islas Molucas) que había ocasionado los primeros viajes de Colón, se amplió en el Océano Pacífico.

España y Portugal tuvieron frecuentes tensiones diplomáticas que se centraron en tres ejes:

• Rivalidad africana concluida con el Tratado de AlcaÇovas (1479)
• Rivalidad atlántica cerrado en Tordesillas (1494)
• Rivalidad oriental solucionado en Zaragoza (1529)

La práctica de establecer demarcaciones basadas en Bulas Pontificias fue empezada por Portugal, cuyos grandes navegantes se lanzaron al mar desconocido antes que los españoles.

Estas Bulas, donde el Papa que estaba en ese momento al frente del Vaticano decidía lo que era correcto, eran aceptadas por todos los monarcas católicos (en aquel momento todos los europeos). En las Bulas no faltaba la advertencia de excomunión para los monarcas de las naciones que no respetasen la concesión papal.

La navegación de Colón y el descubrimiento de las nuevas tierras en 1492, plantearon un problema jurídico por entrar en conflicto con las Bulas Portuguesas y con el Tratado de AlcaÇovas. Por ello la Capitulaciones de Santa Fe de 17 de abril de 1492, en las que se establecieron las condiciones de la expedición de Colón fueron muy cuidadosas a este respecto, e insistían en que la navegación debía hacerse por "el mar donde hasta ahora no se había navegado" con el fin de no entrar en conflicto con Portugal.

Sin embargo, Juan II de Portugal manifestó que "según la capitulación que había entre los Reyes Católicos y él, aquella conquista le pertenecía", dando instrucciones a su embajador en Castilla (España) para que reclamase la propiedad de lo descubierto. Se originó una controversia entre Castilla (España) y Portugal. Ante la discusión, la reina Isabel no quiso que hubiera la más mínima duda de legitimidad y decidió pedir una Bula al Papa Alejandro VI en la que se aclarase la cuestión.

El Papa Alejandro VI, elegido en 1492, era español, y firmó cuatro Bulas, todas ellas a favor de las pretensiones españolas.

• La "Inter Caetera”, de 3 de mayo de 1493, que era una Bula de donación.
• La “Eximie devotionis”, con la misma fecha, que era una Bula de concesión de privilegios.
• La “lnter Caetera”, fechada al día siguiente de las anteriores, que establecía una raya de separación en el océano entre España y Portugal situada a 100 leguas al oeste de las Azores o Cabo Verde.
• La “Dudum siquidem”, de 25 de septiembre del mismo año, que ampliaba los derechos de España al dominio de las tierras en zonas orientales; es decir, la India o regiones próximas que se descubriesen navegando hacia occidente y no estuviesen ocupadas por un príncipe cristiano anterior, revocando cualquier donación allí hecha antes si no se mantenía entonces la posesión de esas tierras. El gran acierto fue de los monarcas españoles que las pidieron, probablemente asesorados por Colón, y así como las bulas portuguesas establecían la línea de separación entre Portugal y España, según un paralelo de Este a Oeste, en las bulas españolas se hacía según una línea de Norte a Sur.

En aquel momento en que no se sabía que la tierra era redonda, aunque algunos lo sospechasen secretamente, podía pensarse que esta diferencia en el planteamiento no significaba nada, pero pronto se vieron las consecuencias favorables a España cuando se comprobó la redondez de la tierra.

El Tratado de Tordesillas entre España y Portugal, en 1494, ratificó lo dispuesto en las Bulas Pontificias que establecían la separación entre las dos naciones pioneras en los descubrimientos según una línea trazada sin límites de norte a sur, cuando no se conocía todavía que la tierra era redonda.

Portugal obtuvo que la raya meridiana de separación fijada en la segunda “lnter Caetera”, a 100 leguas al oeste de las Azores, se desplazase a 370 leguas de las islas de Cabo Verde para dar a Portugal alguna posibilidad en América, concretamente en Brasil que ya estaba en los planes portugueses.

En base a las Bulas Pontificias y el Tratado de Tordesillas, y después del descubrimiento en 1513, por Núñez de Balboa, del Mar del Sur, a partir de la demostración por medio de la circunnavegación de la expedición de Magallanes-Elcano, de 1519-1522, de que la Tierra era redonda, y respetando la línea de separación entre lo que correspondía a España y a Portugal, admitido que esta línea no tenía límites y, por tanto, continuaba al norte y al sur en el otro hemisferio, en el llamado antimeridiano, resultaba que la línea de delimitación del Tratado cortaba en dos al planeta, como si fuese una naranja, y dejaba para España la mitad en la que estaba incluido todo el Océano Pacífico.

Este es el “fundamento de derecho” del reparto en aquella época, a pesar de que no gustase a las demás potencias europeas, Inglaterra, Francia y Holanda, que no fueron llamadas a participar ni a opinar en el acuerdo.